Sanity: Analyzing single-cell data without distortion

The true structure of single cell expression data (left) and the structure reconstructed by “Sanity” (right).

Biozentrum (University of Basel) News Article
Single-cell RNA sequencing is a powerful experimental method for determining the molecular identities and characteristics of individual cells. However, analyzing such data is very challenging. As the team led by Prof. Erik van Nimwegen and Prof. Mihaela Zavolan at the Biozentrum of the University of Basel now report in “Nature Biotechnology”, this is where many tools fail. They show that existing tools present highly distorted representations of the data and present a new method, called “Sanity” that overcomes these problems.

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«Sanity» zur Auswertung von Einzelzell-Daten ohne Verzerrungen
Die Einzelzell-RNA-Sequenzierung ist eine leistungsfähige Technik, um die molekulare Identität und die Eigenschaften einzelner Zellen zu bestimmen. Eine grosse Herausforderung ist dabei die Datenanalyse. Hier versagen viele Tools, wie die Teams um Prof. Erik van Nimwegen und Prof. Mihaela Zavolan vom Biozentrum, Universität Basel, nun in «Nature Biotechnology» berichten. Sie zeigen, dass gängige Tools die Daten oft verzerren und stellen mit «Sanity» eine Methode vor, die diese Probleme überwindet.

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Website Zavolan Lab